SMP Sains Tebuireng juga menyusun serta melaksanakan program pendidikan yang tentunya guna menatap masa depan lebih inah. Selain dibekali ilmu pengetahuan pada umumnya, tak lupa pondasi dasar yakni khasanah keagamaan pun diperkuat. Antara lain program yang diusung SMP Sains Tebuireng ialah,
- Sholat Dhuha, Dhuhur, Ashar Berjamaah
- Pembiasaan Dzikir / Istighosah bersama
- Latihan Khitobah (pidato) dalam beragam bahasa
- Target Hafal minimal 2 juz Al Qur’an (Juz 29-30)
- Target Hafal Hadits Arba’in Nawawi
- Program Penguatan Bahasa Inggris (Epro)
- Pembiasaan berkomunikasi dengan bahasa Inggris dan bahasa Arab dalam kegiatan sehari-hari
- Pembinaan Persiapan Olimpiade / Lomba
- Lomba Kebersihan Kelas dan Asrama
